Deu início a suas atividades em 16 de maio de 1977 por um grupo da sociedade local e teve como presidente de sua primeira diretoria Dona Fernandinha Rosielo que presidiu a entidade até maio de 1978 quando então foi empossada pelo médico Dr. João José de Sá Filho. Foram 5 anos passando por locais provisórios e precários. NO dia 13 de dezembro de 1980 a APAE reuniu as autoridades de Caraguatatuba e do Estado de São Paulo, para inauguração do primeiro módulo de sua sede própria, que levou o nome de Madalena Maria Fachine que vinha lutando de maneira desprendida pela igualdade dos direitos de todos, em terreno doado pela prefeitura do bairro do Indaiá. Em janeiro de 1981 foi ampliada com a construção de mais dois módulos, o que possibilitou proporcionar melhores condições de atendimento ás crianças e adolescentes. Para chegar a esse estágio tiveram o apoio governamental, federal, estadual e municipal (prefeito na época Bourabeby), além do recebido da comunidade caraguatatubense, que nunca se omitiu quanto procurada. A APAE de Caraguatatuba abrigava na época 50 alunos com deficiência intelectual (DI) em regime de externato e ambulatorial. Já em 1992 a APAE passou a assistir 70 alunos, contava com 15 funcionários e cinco voluntários. O município de Caraguatatuba foi o primeiro no estado a implantar uma legislação própria tornando obrigatório o apoio à educação especial.

Missão
Ao longo desses anos a APAE continua desenvolvendo o que preconiza a sua missão: promoção e articulação de defesa de direitos, prevenção, orientações, prestações de serviços, apoio a família, direcionada a melhoria da qualidade de vida da pessoa com deficiência intelectual e a construção de uma sociedade mais justa e inclusiva.

Valores
Temos o compromisso com a ética e a transparência em tudo que fazemos. Apresentamos nossa prestação de contas anual.